Zwischen den Separatisten und der galaktischen Republik entflammen die Klonkriege. Als Jabba the Hutts Sohn von einer unbekannten Gruppe Abtrünniger entführt wird, sollen die Jedi-Ritter Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi ihr Versteck suchen und herausfinden, wer die Hintermänner sind. Yoda stellt Anakin den aufstrebenden Schüler Ahsoka Tano zur Seite. Asajj Ventress, Count Dooku und die Sith wollen indes einen neuen Krieg anzetteln.
Die Galaxis wird bedroht. Separatisten kämpfen mit der Unterstützung der dunklen Sith Lords gegen die Galaktische Republik und wollen die Bevölkerung unterdrücken. Der Konflikt zwischen der sogenannten Konföderation unabhängiger Systeme und den Jedi-Rittern, die gemeinsam mit den Klon-Kriegern kämpfen, weitet sich schnell in alle Teile der Republik aus. Unter der Führung des Meisters Yoda müssen die Kämpfer beweisen, dass sie zusammenhalten können. Dazu zählen: Anakin Skywalker, der eine Ausbildung unter dem Meister Obi-Wan Kenobi genoss, Obi-Wan-Kenobi, der mit der Hitzköpfigkeit seines Schülers oftmals nicht zurechtkommt, Ahsoka Tano, eine 14-jährige Jedischülerin sowie Mace Windu und viele weitere Jedis.
